作为住房保障政策体系的重要组成部分，我国经济适用住房政策诞生于从计划经济向市场经济过渡的过程之中，并在实际运行中为了应对暴露出的种种问题而进行了一些适应性调整，经历了一个不断发展、完善与变化的过程，大体可分为酝酿及初步形成、快速发展、反思与调整三个阶段。系统地看，这一变迁以及经济适用住房本身性质的演变与其外部环境的变化紧密相关。
酝酿及初步形成阶段(1991年—1997年)
随着社会主义市场经济制度的确立，住房商品化、建立住房市场催生了经济适用住房这个概念。
自1991年《国务院关于继续积极稳妥地进行城镇住房制度改革的通知》次提出“大力发展经济实用的商品住房，优先解决无房户和住房困难户的住房问题”，到1994年《国务院关于深化城镇住房制度改革的决定》提出“建立以中低收入家庭为对象、具有社会保障性质的经济适用住房供应体系和以高收入家庭为对象的商品房供应体系”，经济适用住房政策正式确立，并定位为我国住房保障体系的重要组成部分。
快速发展阶段(1998年—2002年)
在“住宅业成为新的经济增长点”的思路指导下，经济适用房建设进入了一个快速发展阶段。
1998年《国务院关于进一步深化城镇住房制度改革加快住房建设的通知》正式提出“建立和完善以经济适用住房为主的住房供应体系”，就经济适用住房在这个阶段的性质来说，它既具有商品性又具有保障性。从文件来看，住房改革的一个重要目标是使“住宅业成为新的经济增长点”，而整个住房体系又要以经济适用住房为主，所以经济适用住房被赋予了拉动经济增长的功能。同时，由于经济适用住房定位于中低收入家庭，因此它又具有保障性质。这意味着经济适用住房已明确成为我国住房保障体系的核心，并进入短暂的快速发展时期。
反思与调整阶段(2003年至今)
一方面是经济适用住房在住房保障体系中的“错位”，一方面是地方政府、开发企业等部门消极应对甚至抵制，2002年以后全国各地对经济适用住房的发展热情大幅降低。
由于经济适用住房的供给并没有达到预期的缓解中低收入家庭住房困难的目的，而且在实施过程中出现了一系列问题，政府不得不探索其他更为有效的解决办法。2007年《国务院关于解决城市低收入家庭住房困难的若干意见》以及新修订的《经济适用住房管理办法》都对经济适用住房政策提出“改进和规范”，将保障对象由“中低收入家庭”调整为“低收入家庭”;同时，强调经济适用住房的供应对象要与廉租房的保障对象相衔接。经济适用住房政策在得到调整与完善的同时，变成解决城市低收入家庭住房困难政策体系的组成部分，与廉租房一起共同构成保障性住房的主体。
这一时期的经济适用住房政策也发生了变化：，对经济适用住房的性质界定有了改变，更多强调了经济适用住房的保障性质;第二，行政事业性收费被取消意味着经济适用住房的公益性增加;第三，在户型上规定建筑面积控制在60平方米左右，“保基本”的特征更明显。为解决经济适用住房政策在现实中遭遇供应对象失控的问题，中央政府取消了市县政府的一些自主权，同时严格了对供应对象的资格审核。
2008年以后，随着中央保障性住房建设思路的变化，公共租赁住房日益成为我国保障性住房建设的重点。国家“十二五”规划纲要更是明确提出“重点发展公共租赁住房，逐步使其成为保障性住房的主体”。这也表明，经济适用住房与廉租房构成的主体地位，在未来将让渡给公共租赁住房这一新的住房保障形式。
地方政府的保障动机与部分民众的投资动机
政府基于保障目标实施经济适用住房政策，但部分民众更关注的是经济适用住房与商品房之间的差价，会展开对这一稀缺资源的争夺。往往是掌握较多资源而不是最需要的人群得到了经济适用住房，存在骗购、超标购买和投机等有损经济适用住房政策公正性的行为，导致政府的保障目标与社会公平性缺失的矛盾。
部分民众的投资与投机心理
政府一次性补贴的缺陷：经济适用住房具有价格低、补贴方式一次性的特点。政府对经济适用住房申请家庭的补贴，实际是在房屋销售阶段通过限定房价、一次性地将补贴划拨给中低收入者。这种一次性补贴方式存在两个方面的问题，首先，购买经济适用住房的居民在未来几年可能会有较大的收入增长，不再符合补贴要求，但由于缺乏强制退出机制，仍可占有经济适用住房资源;其次，市场上也会继续产生新的中低收入者，而由于经济适用住房的供给有限，这类群体很难获得新一轮补贴。
购买中的超标、骗购与投资(投机)行为：由于经济适用住房带有保障性质，因此售价一般低于市场价，这就给消费者带来了额外收益。当住房供不应求时，有可能通过程序外的手段来谋取利益，产生较高收入者挤走较低收入者的现象。加之经济适用住房现有的审查制度不够严格、有效，在申请程序、证明办理、房屋分配等环节的权责关系不够清晰，存在较多的主观因素，客观上也为超标购买、骗购和投资(投机)行为的产生创造了空间。
地方政府审批程序及存在的问题
政府的审批程序：在经济适用住房的分配上，通过申请、初审、复审、备案，由区县住房保障管理部门组织轮候摇号配售。划拨经济适用住房建设用地涉及的被拆迁家庭、重点工程建设涉及的被拆迁家庭、旧城改造和风貌保护涉及的外迁家庭以及家庭成员中含有60周岁以上老人、严重残疾人员、患有大病人员、优抚对象、复员军人等住房困难家庭可优先配售。
审批存在的问题：经济适用住房审批方面的问题就是缺乏有效的个人财产收入审查机制，导致经济适用住房准入政策难以发挥作用。我国尚未建立起个人收入申报制度和健全的社会诚信系统，尚无一个权威部门来判定家庭的收入标准，而金融机制的不完善又导致难以准确界定个人财产收入状况。在缺乏有效的财产收入审核机制的情况下，经济适用住房政策不仅不能准确确定住房补贴的范围，而且还为政策执行留下了寻租空间。
审批程序的调整：在经济适用住房资源严重不足、经济适用住房具有极大价格诱惑的情况下，民众可能的行为选择是采用各种手段争取经济适用住房资源。这就容易造成在实际操作过程中经济适用住房供应范围扩大、供应对象失衡的问题。而地方政府的行为选择是通过审批程序的不断细化来严格控制供应对象，防止不符合条件的申请人占有经济适用住房资源，增强阳光政府理念的推行与公民参与意识。